La nécessité de travailler à la conservation et à la restauration des édifices et du mobilier mis au jour s’est imposée très tôt. Les plus belles découvertes rejoignirent d’abord le Musée national d’Athènes; le reste fut conservé à Mykonos, dans des maisons puis dans un musée construit entre 1899 et 1902. Entre 1904 et 1906, un musée fut construit à Délos. Il fut par la suite agrandi.
Sur le site, diverses mesures furent prises pour stabiliser les murs et les sols mosaïqués et surtout pour protéger les peintures. Les colonnes trouvées à terre furent redressées et les blocs erratiques furent rangés auprès des édifices dont ils provenaient.
Cette politique de conservation dans le musée et sur le site se poursuit, avec quelques anastyloses, sous la tutelle de l’Éphorie des Cyclades.
Εμπεδώθηκε από πολύ νωρίς η αναγκαιότητα των εργασιών συντήρησης και αναστήλωσης των κτηρίων και των κινητών ευρημάτων που έρχονταν στο φως. Τα πιο ωραία ευρήματα μεταφέρονταν στην αρχή στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο στην Αθήνα· τα υπόλοιπα φυλάσσονταν στην Μύκονο, σε σπίτια και στην συνέχεια σε ένα Μουσείο που ανεγέρθηκε μεταξύ 1899 και 1902. Μεταξύ 1904 και 1906 κατασκευάστηκε μουσείο στην Δήλο, το οποίο στην πορεία διευρύνθηκε.
Στον αρχαιολογικό χώρο ελήφθησαν διάφορα μέτρα για την σταθεροποίηση των τοίχων, των ψηφιδωτών δαπέδων και κυρίως για την προστασία των ζωγραφικών παραστάσεων.
Οι κίονες οι οποίοι βρέθηκαν καταγής ανατάχθηκαν και τα διάσπαρτα αρχιτεκτονικά μέλη τακτοποιήθηκαν δίπλα στα κτήρια από τα οποία προέρχονταν.
Αυτή η πολιτική της συντήρησης στο μουσείο και στον αρχαιολογικό χώρο συνεχίζεται, με αναστηλώσεις που πραγματοποιούνται υπό την εποπτεία της Εφορείας Αρχαιοτήτων Κυκλάδων.
- Restauration du péristyle de la Maison du Dionysos en 1904 | Αναστήλωση του περιστυλίου της Οικίας του Διονύσου το 1904 / EFA, 20
- Sphinge remontée sur son chapiteau dans le musée en 1913 | Σφίγγα επανατοποθετημένη πάνω στο κιονόκρανο της στο μουσείο το 1913 / EFA, 4276
- Colonnes du péristyle de l’Établissement des Poséidoniastes de Bérytos restaurées en 1913 | Κίονες του περιστυλίου της Λέσχης του Κοινού των Ποσειδωνιαστών της Βηρυτού, οι οποίοι αναστηλώθηκαν το 1913 / EFA, Ch. Avezou, S1082
- Transport de blocs à hexagones par A. Konstantatos en 2016 | Μεταφορά δόμων διακοσμημένων με ανάγλυφα εξάγωνα από τον Α. Κωνσταντάτο το 2016 / EFA, St. Spiggos, N1162-019
- Contrefiche soutenant un mur du Magasin des colonnes en 2015 | Ξύλινη αντηρίδα η οποία στηρίζει τοίχο του Εμπορικού κτηρίου με τους κίονες το 2015 / EFA, P. Karvonis, N631-209
- Travaux de présentation de la tholos de l’Agora des Compétaliastes en 2017 | Εργασίες παρουσίασης της Θόλου της Αγοράς των Κομπεταλιαστών το 2017 / EFA, Cl. Hasenohr, N1162-018
- Blocs à hexagones rangés en 2016 | Τακτοποιημένοι δόμοι με εξάγωνα το 2016 / EFA, A. Konstantatos, N1162-020
- Anastylose de la base de Ménodôros en 2018 | Αναστήλωση της βάσης του Μηνόδωρουτο 2018 / EFA, J.-Ch. Moretti, N774-079
- Restauration de la mosaïque de la Maison de Fourni en 2010 | Συντήρηση του ψηφιδωτού της Οικίας των Φούρνων το 2010 / EFA, J.-Ch. Moretti, N1162-017