Comme tant d’autres institutions, l’École française d’Athènes a eu à déplorer des pertes lors de la Première Guerre mondiale.

Dès 1915, le directeur de l’EFA, Gustave Fougères, ouvre le volume 39 du Bulletin de correspondance hellénique par un avant-propos intitulé « Nos deuils 1914-1915 ». Il y fait la nécrologie de Gabriel Leroux (promotion 1905) et de Charles Avezou (promotion 1910), deux des membres français de l’École morts au front en 1915. Il y ajoute un mot sur Johannès Pâris (promotion 1907), Adolphe-Joseph Reinach (promotion 1908) et Gustave Blum (promotion 1911), alors tous trois portés disparus et dont la perte est confirmée par la suite.

En 1920, Charles Picard, nouveau directeur de l’EFA, ouvre lui aussi le volume 44 du Bulletin de correspondance hellénique par un article, « L’École française d’Athènes de 1914 à 1919 », dans lequel il évoque longuement la biographie des cinq « Athéniens » morts pour la France en 14-18. Il y rend également hommage aux autres anciens membres français de l’EFA qui ont été mobilisés pendant le conflit.

Le 31 mars 1921, Ch. Picard et Robert de Billy, ministre plénipotentiaire de France en Grèce, inaugurent dans les jardins de l'EFA, près de l'escalier menant au bâtiment central, la stèle commémorant les morts pour la France de l’École. Ils prononcent à cette occasion d'émouvants discours regroupés dans un fascicule, Hommage aux morts pour la patrie, que le service des archives met en ligne en ce 11 novembre. Ce fascicule se termine par une mention à la plaque posée, en 1921 également, dans l'entrée de l'actuelle maison des hôtes, à la mémoire du belge Jean de Mot, premier membre étranger de l'École (1900-1901), tué en octobre 1918 lors de l’une des dernières confrontations.